A cromatografia líquida preparativa tradicional nasceu em 1903, quando o botânico russo M. Twsett fez a primeira separação de pigmentos.

O processo de polimento de peptídeos por HPLC é uma etapa de produção que tem impacto direto no custo de produção de medicamento.

Os canabinoides em alta demanda tem avanço nas pesquisas com foco maior na análise de amostras e controle de qualidade de amostras.

A cromatografia preparativa é geralmente utilizada para isolar ou purificar substâncias a partir de estudos de caracterização de produto e impurezas usando MS ou MNR e para produção em larga escala de medicamentos. O principal interesse é a obtenção do material, portanto o eluente não é mais tratado como resíduo, já que contém o produto químico de interesse.